Muscheln sind getrennt geschlechtlich oder Zwitter. Die Fortpflanzung als Zwitter ist z. B. bei der Großen Teichmuschel häufig. Die Gemeine Teichmuschel pflanzt sich überwiegend getrennt geschlechtlich fort. Es gibt also männliche und weibliche Tiere (äußerlich nicht zu unterscheiden).

Die Spermaübertragung erfolgt immer über das freie Wasser. Muscheln haben deshalb lediglich einfache Geschlechtsdrüsen, aber keine Begattungsorgane.

Mit Ausnahme der Dreikantmuscheln, bei denen sich die befruchteten Eier im freien Wasser entwickeln, findet der erste Entwicklungsschritt der befruchteten Muscheleier in der Kiemenhöhle des Muttertieres statt (Brutpflege).

Bei den Großmuscheln wird hier ein spezielles Larvenstadium gebildet, sogenannte Glochidien. Sie werden ins freie Wasser abgegeben und versuchen durch Klappbewegungen ihrer Schalen mit den Kiemen oder Flossen eines Wirtsfisches Kontakt zu finden und sich dort festzusetzen. Das schaffen nur die Allerwenigsten. Diese schmarotzen 2 – 10 Monate auf dem Wirtsfisch und entwickeln sich zu kleinen Muscheln. Dabei können sich die Muscheln auch in stromaufwärts gelegene Bach- / Flussabschnitte ausbreiten, da sie den Fisch als Transportmittel nutzen. Sie fallen dann auf den Gewässergrund und suchen sich einen geeigneten Platz im Bodensubstrat – das selbstständige Muschelleben beginnt.

Im Glochidienstadium leben die Muscheln parasitisch an Wirtsfischen. Nach heutigem Kenntnisstand erleiden die Wirtsfische keine wesentlichen Schäden.