Der Lebensraum- oder Biotopschutz hat sich seit den 1970er Jahren zu einem zentralen Instrument des Naturschutzes entwickelt. Er sichert die Lebensgrundlagen für Arten und Artengemeinschaften und steht meist auch im Mittelpunkt von Managementplanungen. Der Schutz von gefährdeten Biotopen ist gesetzlich vorgeschrieben, doch ist ein Schutz oder Erhalt auch für alle anderen naturnahen Biotope wichtig (z. B. gewässerbegleitende Saumbiotope). Biotope können nicht isoliert von ihrer Umgebung betrachtet werden, da sie zahlreichen Einflüssen von außen unterliegen. Ein modern verstandener Biotopschutz ist vom Ökosystemschutz deshalb oft nur schwer zu trennen.

Die Funktion von Ökosystemen basiert auf dem Ablauf von typischen Prozessen, die seit etwa 20 Jahren verstärkt im Fokus des Naturschutzes stehen. Dazu gehören beispielsweise die Wiederzulassung einer natürlichen Flussdynamik oder die Ausweisung von Reservaten, in denen sich die Natur ungestört entwickeln kann. Bei Ökosystemen, die vom Menschen geprägt wurden, ist oft der Erhalt einer traditionellen Nutzung wichtig (z.B. Beweidung oder Mahd von Orchideen-oder Iriswiesen. Erhalt von Fischzuchtteichen die es seit Jahrhunderten mit einer angepassten artenreichen Tier-und Pflanzenwelt gibt).

Der Schutz der Naturgüter „Boden, Wasser, Luft“ und die Sicherung von wichtigen Funktionsabläufen ist für künftige Generationen überlebensnotwendig. Ein konsequent umgesetzter Naturschutz leistet hierzu einen wichtigen Beitrag, beispielsweise durch den Erhalt von Feuchtflächen für den Grundwasserschutz.